Film ini berlatar belakang dunia yang damai setelah pertarungan terakhir antara Godzilla dan Kong. Film dimulai dengan adegan Kong yang berburu monster lain yang bernama Wartdogs. Sementara Dr. Ilene Andrews sedang bekerja untuk memisahkan Godzilla dan Kong. Di tempat lain Godzilla mempertahankan kekuasaannya dengan membunuh monster yang menyebabkan kekacauan.

Pada waktu bersamaan, ilmuwan mendeteksi energi luar biasa di daerah kekuasaan Kong. Sumber energi lain muncul, yang bahkan dirasakan oleh Godzilla. Godzilla kemudian meninggalkan tempatnya dan menuju sumber dari energi tersebut.